1980-talets expansion övergår på 1990-talet i en lågkonjunktur. Kontorsbyggandet minskar kraftigt och bostadsbyggandet faller till den lägsta nivån sedan första världskriget. Knappt 700 lägenheter byggs i Stockholm år 1994. Trots att nybyggandet är rekordlågt inleds ändå en upprustning av city med början vid Hötorget. Resultatet blir bland annat biografen Filmstaden, och nya bostadshus vid Oxtorget, de första på femtio år.
Södra Stationsområdet fortsätter växa, och 1997 står det omdiskuterade Söders torn på Medborgarplatsen klart. 1998 blir Stockholm värd för Kulturhuvudstadsåret, det nya Moderna Museet byggs och Kulturhuset rustas.
1990-talet är också årtiondet då Stockholms – och världens – första nationalstadspark inrättas. Parken innefattar både Norra och Södra Djurgården, Haga, Ulriksdal, Skeppsholmen och Kastellholmen.
I början av årtiondet inleds även planeringen av Hammarby sjöstad, det största bostadsprojektet sedan sekelskiftet. Tanken är att bygga en ny stad kring vattnet, och att bygga ihop Stockholm och Nacka. Inspiration hämtas från Norr Mälarstrands klassiska vattenfront.
1994 invigs den 100: e tunnelbanestationen: Skarpnäck.